Desde el curso 2009-2010, el IES Puerta de Cuartos se incorpora al Programa de Secciones Europeas que impulsa la Consejería de Educación.

En este programa se integran alumnos provenientes de centros de Educación Infantil y Primaria que lo tienen implantado, con lo que supone la garantía de continuidad de la labor comenzada.

Consiste en impartir en idioma inglés los contenidos de dos materias no lingüísticas en los cuatro cursos de la ESO.

A partir del curso 2012-2013, el programa llega a los cuatro cursos de ESO, por lo que habrá un grupo-clase de Sección Europea en cada uno de los cursos desde 1º a 4º ESO.

A través de este programa el IES Puerta de Cuartos trabaja por desarrollar una de sus señas de identidad más destacadas y que suponen un factor diferencial respecto de otros centros: el fomento de la enseñanza bilingüe.